Бесшумный флот

После победы над Мьюри Ундзэн студенческий совет Академии Хаконива во главе с Медакой Куроками возвращает школу к обычному режиму работы. Вскоре выясняется, что директор академии разработал «План Флакона» — проект, основанный на манипуляциях и подавлении. Медака, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме сталкиваются с новыми аномалиями, связанными с этим планом.

Основную угрозу представляет группа студентов под названием «Партия тринадцати», которую возглавляет Удо Мияконодзе. Эти обладающие сверхспособностями персонажи стремятся захватить власть в академии и разрушить установленный порядок. Ситуация осложняется возвращением старого противника, ранее побежденного студенческим советом, который намерен завершить свои прежние действия.