Оркестр Фудзими

События разворачиваются в альтернативной версии периода Эдо, где власть по-прежнему принадлежит сёгунату Токугава, но контроль над страной перешел к пришельцам. Часть населения смирилась с таким положением дел, другие пытаются сопротивляться. Несколько самураев ведут собственную войну против новой власти, действуя скрытно. В рядах повстанческих групп отсутствует единство - в них состоят в основном бандиты, сотрудничающие с инопланетными коллегами.

В районе Кабуки жизнь продолжается своим чередом. За два года, прошедшие с первого сезона, многие персонажи изменились. Синпати Симура, молодой ученик, доволен тем, что его бригада из агентства Гин на все руки снова участвует в приключениях. Гинтоки, учитель и босс, стал более суровым бойцом - его тело покрыто шрамами, полученными в ходе постоянных тренировок и сражений.