Вперёд, Анпанман! Давайте победим корабль с привидениями!!

В мире существуют строгие правила алхимии, основанные на принципе сохранения материи. Запрещено создавать нечто из ничего или нарушать природное равновесие путем превращения меньшего в большее. Также категорически запрещено создавать живых людей. Эти законы были заложены в основу воспитания сыновей Хоэнхайма их матерью.

После смерти матери братья Альфонс и Эдвард нарушают запрет и пытаются воскресить ее с помощью алхимии. В ходе неудачного преобразования Альфонс теряет тело, а Эдвард - конечности. Осознав последствия своего поступка, братья решают вернуть утраченное. Для этого Эдвард поступает на службу в армию Аместриса в качестве государственного алхимика, надеясь найти способ обратить преобразование и восстановить брата.